В состав флоры Сихотэ-Алиня входит около 670 видов лишайников, почти 3000 видов грибов, более 1000 видов, разновидностей и форм водорослей, около 700 видов мохообразных и более 2000 видов сосудистых растений, в том числе около 200 видов древесных и кустарниковых пород.
Основу флоры лишайников составляют виды с восточно - азиатским ареалом. Из лишайников, включенных в Красную книгу России, в Приморье отмечено 15 видов, на территории Хабаровского края - 4; из них телосхистес желтоватый (Teloshistes flavicans) и умбиликария съедобная (Umbilicaria esculenta) встречаются только в южной части Сихотэ-Алиня, а стикта окаймленная (Sticta limbata) - только в северной.
Из грибов, значительная часть которых распространена в широколиственных лесах, широкое распространение получили микоризные и дереворазрушающие виды. Доля эндемичных грибов - около 1%. Из видов, включенных в Красную книгу России, наиболее примечательны кесарев гриб (Amanita caesarea), рогатик пестиковый (Clavariadelphus pistiillaris), ежевик коралловидный (Hericium coralloides). К очень редким видам относятся грифоль курчавая (Grifola frondosa) и спарассис курчавый (Sparassis crispa).
Из мохообразных на Сихотэ - Алине доминируют сфагновые мхи. Доля эндемичных видов - 15%.
Ядро флоры сосудистых растений Сихотэ-Алиня составляют преимущественно восточно - азиатские виды, главным образом маньчжурские и в меньшей степени дауро - маньчжурские. На высоких вершинах гор в гольцовом и подгольцовом поясах распространены арктоальпийские виды, находящиеся здесь на южной границе своих ареалов. Для высокогорной флоры Сихотэ-Алиня характерно также большое число видов с широкими голарктическими и евроазиатскими ареалами. Эндемичные виды во флоре Сихотэ-Алиня составляют чуть более 2%. По верхней границе леса и в подгольцовом поясе локализован единственный в мире представитель эндемичного рода микробиота - м. перекрестнопарная (Microbiota decussata), стелющийся кустарник из семейства кипарисовых.
Среди редких и исчезающих видов растений, представляющих особый интерес для практического использования, необходимо отметить женьшень (Panax ginseng), сохранившийся в лесах южной части Сихотэ-Алиня, заманиху (Oplopanax elatus), распространенную на юге Сихотэ-Алиня при переходе от пояса темнохвойных лесов к подгольцовому, тис остроконечный (Taxus cuspidata), произрастающий в широколиственно - кедровых лесах среднего и нижнего горных поясов. Активизировавшиеся в последние годы незаконные заготовки этих и других ценных видов растений нанесли огромный урон их запасам. В связи с этим необходимы срочные усилия по реализации существующих и разработке новых программ, направленных как на защиту и восстановление наиболее важных для практического использования популяций растений в природе, так и на выращивание в культуре.
Общее количество редких и исчезающих видов растений, включенных в базу данных EPT-проекта, для территории Приморского края составляет 207, из них 54 защищены Красной книгой России. Из представленных в базе данных растений 2 вида относятся к отделу голосеменных, 16 - папоротниковидных и 189 - покрытосеменных, из которых 36 - эндемики. Большинство редких и исчезающих видов распространены в высокогорьях, на приморских скалах, а также приурочены к выходам карбонатных пород.
С территории Хабаровского края в базу данных включены 111 видов растений.