Сохранение популяций редких и исчезающих видов растений и животных - одна из наиболее сложных задач сохранения биологического разнообразия. Дело в том, что многие относительно редкие или имеющие ограниченные ареалы виды привлекают внимание своими декоративными, лекарственными или техническими свойствами. Неумеренная, а часто неквалифицированная популяризация сведений о полезных свойствах этих видов приводит к их истреблению. Некоторые имеющие хозяйственное значение обычные виды живой природы в результате браконьерского промысла также могут переходить в категорию исчезающих. Эта проблема стала особенно актуальна в последние 5 - 6 лет в результате оживления и расширения криминального рынка лекарственных и биологически активных веществ растительного и животного происхождения.
В отношении видов, пользующихся спросом на международном и, что наиболее опасно, криминальном рынке, введение более строгих норм и правил их охраны и использования не дает должного эффекта. Необходимо существенное расширение прав вооруженных подразделений природоохранных и правоохранительных органов, значительное ужесточение наказаний и упрощение процедуры привлечения к ответственности граждан за все виды браконьерского промысла. Эффективность проводимых мероприятий напрямую будет зависеть также от нормализации социально - экономической ситуации в стране и регионе.
Редкие и исчезающие виды, не имеющие столь опасной популярности, угрожающей их существованию со стороны браконьеров, чаще всего уничтожаются в ходе хозяйственного освоения территорий, сопровождающегося трансформацией естественных экосистем. Наибольший урон наносится видам со строгой экологической избирательностью к среде обитания. Сохранение популяций таких видов возможно, если система ООПТ данного региона отвечает требованиям оптимальности. По отношению к особо ценным видам растений и животных, которые даже при создании ООПТ могут исчезнуть в природе, необходимо разработать специальные программы по восстановлению популяций. Важное значение имеет организация временных видовых заказников, позволяющая оперативно поддерживать биологическое разнообразие.