Реки горных и предгорных районов Сихотэ-Алиня характеризуются, как правило, холодной водой, быстрым течением и гравийно - галечным грунтом. Их биота представлена в основном водорослевыми обрастаниями камней, организмами бентоса, а также рыбами, многие виды которых имеют важное промысловое значение, особенно для коренных народов. Видовой состав и разнообразие речных сообществ во многом связаны со степенью их удаленности от истоков рек и, соответственно, с гидрологическими характеристиками водотоков.
Как крайне динамичные природные объекты, расположенные в зоне муссонного климата, речные системы исторически адаптированы к постоянному чередованию природных паводков и засушливых периодов, которое благоприятно сказывается на общей экологической обстановке составляющих их сообществ. Искусственное регулирование паводкового стока в этом регионе обычно ведет к евтрофикации водотоков и к резкому снижению их биоразнообразия.
При разработке общей стратегии сохранения биоразнообразия в реках Сихотэ-Алиня особое внимание должно быть уделено верховьям рек лесной зоны как местам воспроизводства лососеобразных рыб и нагула их молоди. Важно учитывать, что функционирование этих речных участков в наибольшей степени, чем расположенных ниже по течению, зависит от состояния наземных сообществ, при этом, например, развитие водных беспозвоночных во многом определяется уровнем поступления в водотоки листового опада, а рацион рыб в отдельные периоды практически полностью зависит от количества наземных беспозвоночных, попадающих на поверхность водотока.
Действующие ведомственные и утвержденные недавно общегосударственные нормы выделения водоохранных лесных полос по берегам рек, в том числе в их верховьях (постановление Правительства РФ от 23 ноября 1996 года N 1404) вполне удовлетворяют рыбоохранным и рыбохозяйственным целям. Их повсеместное выполнение явится важным звеном в решении проблемы сохранения БР речных сообществ.
Речные системы Сихотэ-Алиня крайне чувствительны к антропогенным загрязнениям. Доказано, что по отношению к верхним и средним участкам нерестовых горных рек не применимы действующие в стране нормы предельно допустимых концентраций на основные виды загрязняющих веществ. Загрязнение таких участков, в том числе нормативно очищенными сбросами, должно быть по возможности исключено.
Особая природоохранная значимость рек Сихотэ-Алиня заключается в том, что они протекают в области, где проходят современные границы ареалов ряда видов проходных лососей и осетровых. Так, вдоль побережья Японского моря по бассейну р. Джигитовка проходит южная граница распространения горбуши. Ареал приморской кеты простирается между р. Туманной на юге и р. Самаргой на севере. Сима встречается повсеместно, но самые крупные популяции воспроизводятся в реках, впадающих в Татарский пролив. Там же проходит граница распространения сахалинского осетра. Зона воспроизводства амурской кеты находится в верхней части бассейна р. Уссури. Сохранение благоприятного гидробиологического режима в реках, расположенных на границах распространения этих ценных видов рыб, является важным звеном при оптимизации СООПТ.