Важным этапом решения проблем защиты БР является оценка предпочитаемых мест обитания сравнительно ограниченного количества наиболее уязвимых популяций животных и растений, сохранение которых в природе имеет для человека крайне важное значение. К таким видам на Сихотэ - Алине могут быть отнесены некоторые перелетные птицы, среди рыб - представители осетровых и лососевых, среди насекомых - китайская восковая пчела (Apis cerana), среди растений - кедр (Pinus koraiensis), тис (Taxus cuspidata), пихта цельнолистная (Abies holophylla), ясень (Fraxinus manshurica), диморфант (Kalopanax septemlobum), женьшень (Panax ginseng), заманиха (Oplopanax elatus) и многие другие. Для каждого такого вида при необходимости может быть разработана своя стратегия сохранения в природе, затем выявляются общие позиции, позволяющие охранять на определенных территориях наибольшее число особо ценных видов. По несовпадающим позициям в СООПТ вносятся соответствующие дополнения.
Для выявления мест наибольшего разнообразия редких и исчезающих видов создаются карты их ареалов, которые затем накладываются друг на друга. Преимущество отдается тем территориям, которые по своему местоположению совпадают с местообитаниями крупных хищников, копытных и других особо ценных видов, что позволит сохранить БР в целом. Проводится оценка репрезентативности выделенных территорий.