Обычно выделяют три основных уровня биоразнообразия: молекулярно - генетический, популяционно - видовой и биоценотический. При выработке стратегии сохранения БР в качестве исходного уровня удобнее использовать популяционно - видовой, при котором сохранение популяций видов, как элементарных единиц охраны биоразнообразия в природе, осуществляется в местах их обитания. Это определяет необходимость сохранения целостности природных комплексов и составляющих их экосистем, в которые входят охраняемые объекты. В этом случае обеспечивается сохранность БР на всех уровнях.
Стратегия, направленная на сохранение целостных природных комплексов и экосистем, предусматривает сохранение пищевых сетей и стабилизирующей роли верхних трофических звеньев животного мира, а также эдификаторов растительного мира, образующих формации, занимающие обширные площади и являющиеся наиболее важными составляющими потоков энергии и вещества в биологических сообществах. Основными элементами в реализации данной стратегии в пределах крупных регионов, в частности горной страны Сихотэ - Алинь, являются, с одной стороны, оптимизация СООПТ, с другой рационализация природопользования на неохраняемых территориях. При этом СООПТ любого региона может считаться более оптимальной только тогда, когда она охватывает все его наиболее важные физико - географические и биогеографические особенности и, соответственно, отражает закономерности пространственного и временного распределения природных условий, растительного и животного мира. Рационализация природопользования на неохраняемых территориях должна обеспечивать неистощительность и постоянство пользования возобновимыми биологическими ресурсами и экологическую безопасность пользования невозобновимыми природными ресурсами.
Важно, что разработка мероприятий по охране целостных природных комплексов и экосистем позволяет сохранить компоненты БР, часть которых мы можем не знать или знать в самых общих чертах, и определяет будущие возможности изучения и использования БР.