Анализ этих программ выявляет следующие недостатки: недостаточный уровень обоснования стратегических целей и вытекающих из них основных задач большинства программ, что снижает качество проектов; чрезмерное завышение заявок на бюджетное финансирование региональных программ или фактическое недофинансирование по уже утвержденным программам; отсутствие четко выраженных приоритетов в финансировании ключевых проектов и программных мероприятий. Нельзя не отметить и попытки региональных властей решить за счет программ все территориальные проблемы, в том числе и те, которые вполне могут быть решены посредством традиционных методов организации, планирования и управления на внепрограммной основе.
В целом нужно отметить, что общего объема финансирования по всем программам, реализуемым на территории области, недостаточно для достижения основных стратегических целей. В ближайшее время объем финансирования по основным программам, и в первую очередь ФЦП "Юг России", должен быть увеличен как минимум в 3 раза, а все действующие на территории области ОЦП при условии наполнения их новыми проектами должны быть профинансированы полностью.