9 июля (по старому стилю) 1889 года в Анадырский лиман вошел клипер "Разбойник", на борту которого прибыли чины учрежденной в 1888 году Анадырской округи: ее первый начальник, надворный советник (подполковник) г-н Л.Ф.Гриневецкий и его помощник г-н М.И.Дмитриев, а также были доставлены строительные материалы, продовольствие и другие грузы. Командовал клипером капитан первого ранга П.Н.Вульф.
21 июля 1889 года на косе святого Александра закончилось строительство первого дома будущего административного центра Анадырской округи.
На второй день, 22 июля (3 августа по новому стилю) 1889 года, состоялось освящение дома, над которым был поднят государственный флаг России, и произведен салют из бортовых орудий клипера "Разбойник".
Освящение дома пришлось на день тезоименитства императрицы Марии Федоровны, что и определило название поселения: Мариинск, но с учетом уже существующих в России поселений с такими названиями его стали именовать Ново-Мариинск.
Долгое время (с 1917 года по начало 30-х годов) пост (потом поселок) был известен под двумя названиями: Ново-Мариинск и Анадырь. Решение о переименовании его в Анадырь неоднократно принималось разными административными органами и окончательно утвердилось к середине тридцатых годов.
В 1932 году Анадырь стал центром Чукотского национального (ныне автономного) округа.
12 января 1965 года поселок Анадырь получил статус города.
В 1992 году Анадырь вновь получил статус города окружного подчинения (этим статусом он обладал ранее до 1957 года).