Общее руководство за реализацией Программы осуществляется мэром города, который обеспечивает представление проекта Программы в городскую Думу, принятие стратегических решений по реализации Программы, представление отчета о реализации Программы.
Городская Дума осуществляет утверждение Программы на среднесрочный период, отчета об исполнении Программы, контроль за ее реализацией.
Общественность городского округа ежегодно информируется о ходе реализации Программы.
Управление экономики мэрии города осуществляет организацию работы по формированию Программы, подготовке отчета о реализации Программы, проведению мониторинга системы контрольных показателей.
Структурные подразделения мэрии города, муниципальные учреждения в рамках реализации Программы осуществляют подготовку и реализацию муниципальных программ по подведомственной сфере и направлениям Программы; организацию взаимодействия с региональными органами исполнительной власти по включению предложений городского округа в государственные программы Еврейской автономной области; текущий контроль за реализацией мероприятий; представление в установленном порядке в управление экономики мэрии города информации о реализации мероприятий.
Отчет о реализации Программы представляется в городскую Думу за отчетный финансовый год ежегодно не позднее 15 апреля года, следующего за отчетным. Отчет о реализации Программы содержит общий объем фактически произведенных расходов, в том числе по источникам финансирования, уровень достижения показателей эффективности, информацию о реализованных в течение года и переходящих мероприятиях в разрезе сфер деятельности. Итоговый отчет о реализации Программы содержит данные о финансировании Программы в целом и отдельных ее мероприятий с разбивкой по годам и источникам финансирования, процент выполнения Программы, оценку результатов реализации Программы.