Аппарат Счетной палаты состоит из начальников отделов, инспекторов и специалистов, чьи должности предусмотрены структурой и штатным расписанием Счетной палаты, назначаемых и освобождаемых от должности председателем Счетной палаты.
Права и обязанности работников аппарата Счетной палаты, а также условия прохождения ими муниципальной службы определяются законодательством Российской Федерации о труде и муниципальной службе, законами Липецкой области, настоящим Положением, иными нормативными правовыми актами и соответствующими должностными инструкциями.