Ежегодно музей истории города Ярославля и его филиалы (городской выставочный зал им. Н.А. Нужина, мемориальный дом-музей М.А. Богдановича, арт-галерея "Дом муз") посещают более 30 тысяч человек, общий объем фонда музея составляют 23 тысячи предметов. Годовой план учреждения насчитывает 30 - 40 выставок. Основная концептуальная идея экспозиции музея - "Человек в истории города, город - в истории России". Главные проекты музея истории города Ярославля связаны с именем Герасима Лебедева и событиями Смутного времени. Для выставочного зала им. Н.А. Нужина визитными карточками являются выставки ювелирного искусства и традиционных ремесел. В музее М.А. Богдановича экспозиция и мероприятия направлены на популяризацию белорусской культуры, развитие российско-белорусских отношений.
В 2012 - 2013 годах проведена большая фондовая работа. В связи с обновлением программного обеспечения КАМИС (Комплексная автоматизированная музейная информационная система) в 2012 г. началась работа по оцифровке музейных коллекций, включающая в себя получение цифрового изображения музейного предмета (путем сканирования или фотофиксации) и присоединения его к соответствующей карточке в электронной базе. В результате были полностью оцифрованы коллекции открыток, письменных источников, редких книг, нумизматики, фотографий, начато сканирование коллекции негативов. В общей сложности в течение 2012 г. были добавлены изображения в 6147 электронных учетных карточек, в 2013 г. - в 14061. Оцифровка музейной коллекции будет продолжена.
Кроме того, сотрудниками отдела фондов была осуществлена сверка наличия, маркировка, фотофиксация и упаковка коллекции А. Соколовой, принятой на временное хранение в 2011 г. и находящейся в здании арт-галереи "Дом муз". Первичная консервация коллекции, включающей 1651 единицу хранения, производилась в связи с подготовкой помещений арт-галереи к внутренним реставрационным работам.
Повысить эффективность и востребованность любого музея в современном обществе можно только при объединении традиционных форм работы музея с творческим подходом, с проектной деятельностью. Это позволит изменить имидж музея, усилит его роль в формировании мировоззрения, будет способствовать развитию экономики города и региона, привлечению инвестиций и, значит, повышению уровня жизни населения. Для представления музеем своих коллекций и проектов в виртуальном пространстве необходимы разработка и внедрение информационных технологий в музейной сфере. В целях популяризации наиболее значимых событий ярославской истории, сохранения культурных традиций требуется внедрение новых форм музейной работы, реализация наиболее успешных проектов.
Музей будет работать и над решением других актуальных вопросов, таких как: эффективное использование материально-технических и финансовых ресурсов, мобилизация сил по привлечению в музей горожан и туристов, разработка экспозиционных пространств современного технического и содержательного уровня, маркетинг музея (продвижение учреждения в региональных и российских СМИ, в интернет-пространстве; распространение рекламных материалов в общественном пространстве города).