Общее руководство и контроль над реализацией Программы и ее отдельных мероприятий осуществляет мэр города Астрахани. Для координации действий структур управления муниципалитетом, представительного органа власти г. Астрахани, федеральных структур, исполнителей отдельных мероприятий Программы и рассмотрения хода выполнения Программы создается Координационный совет, возглавляемый заместителем мэра, начальником муниципального казначейства М.А. Абдулхалыковым.
Мероприятия Программы реформирования муниципальных финансов являются планом действий и частью функциональных обязанностей муниципального казначейства г. Астрахани. Координационный совет рассматривает все вопросы реализации Программы реформирования на территории города, осуществляет контроль за ее исполнением, определяет порядок и сроки отчетности ответственных исполнителей.
К исполнению программы, в соответствии с издаваемыми администрацией города постановлениями, привлекаются комитеты, управления и департаменты, другие ведомства г. Астрахани, а также научно-исследовательские учреждения, рабочие группы, авторитетные консультанты и эксперты. Для реализации мероприятий могут формироваться рабочие группы, создаваемые по принципу закрепления основных направлений Программы реформирования.
Представительный орган местного самоуправления (Совет муниципального образования "Город Астрахань") осуществляет контроль и рассматривает отчеты о выполнении планов реформирования муниципальных финансов.