Согласно условиям финансирования реализации Программы планируется первоначально финансировать расходы за счет средств городского бюджета и впоследствии компенсировать израсходованные средства из Фонда реформирования региональных и муниципальных финансов. Часть средств на реализацию Программы реформирования заложена в проект бюджета города на 2006 год.
Расходы по реализации Программы реформирования, связанные с развитием информационных ресурсов, систем и технологий, планируется осуществлять на конкурсной основе.
В рамках реализации Программы предусматривается опережающий порядок финансирования расходов, предусмотренных Программой, за счет средств бюджета г. Астрахани и использование субсидий из Фонда реформирования региональных и муниципальных финансов в качестве возмещения за произведенные расходы. Такой механизм обусловлен финансовой схемой реализации Программы, предусмотренной Министерством финансов РФ, и целесообразностью авансового финансирования мероприятий по реформированию системы управления финансами муниципалитета за счет собственных средств.