Одним из серьезнейших недостатков, сдерживающих экономическое развитие ГО "город Якутск", является отсутствие железнодорожного сообщения.
Строительство железной дороги Беркакит - Томмот - Якутск ведется с 1985 года. В 2012 году железнодорожное полотно достигло п. Нижний Бестях Мегино-Кангаласского района Республики Саха (Якутия), который расположен на противоположном берегу от городского округа "город Якутск".
Обеспечение доступа железнодорожного сообщения сдерживается отсутствием мостового перехода через р. Лена. В настоящий момент определен вариант строительства автомобильного моста через р. Лена с возможностью дальнейшей модернизации до совмещенного автомобильно-железнодорожного мостового перехода.