Город расположен на левом берегу р. Лена, в среднем ее течении, и на значительном расстоянии от других крупных городов. Транспортные связи города осуществляются автомобильным, речным и воздушным транспортом. Выгодное географическое положение города, концентрация большого количества дорог и ограниченность транспортной доступности части районов республики создали в ГО "город Якутск" условия для образования крупного транспортного узла со значительной перевалкой грузов с одного вида транспорта на другой.