В связи с ограниченной транспортной доступностью большинства районов Республики Саха (Якутия) большое значение в осуществлении грузопассажирских перевозок имеет воздушный транспорт. В городе действуют два аэропорта: "Якутск" (основной; осуществляет внутренние республиканские, российские и международные рейсы) и "Маган" (запасной; расположен в одноименном пригородном поселке).
В 2012 году был введен новый пассажирский терминал аэропорта "Якутск", оснащенный 3 телескопическими трапами, которые в суровых климатических условиях позволили значительно повысить комфорт воздушных перевозок.
Воздушное сообщение ГО "город Якутск" имеет со всеми районами Республики Саха (Якутия), в которые невозможно попасть автомобильным транспортом или попадание в них связано с большими временными затратами, и многими городами России.
В ГО "город Якутск" базируются основные воздушные перевозчики республики: ОАО "Авиакомпания "Якутия" и ОАО "Авиакомпания "Полярные авиалинии".