Якутск является центром высшего образования северо-востока России.
Систему высшего профессионального образования в городе Якутске представляют:
1. Северо-Восточный федеральный университет им. М.К. Аммосова;
2. Якутская государственная сельскохозяйственная академия;
3. Арктический государственный институт искусств и культуры;
4. Высшая школа музыки РС(Я) им. В.А. Босикова;
5. Якутский гуманитарный институт.
Помимо 5 самостоятельных ВУЗов в городском округе действуют 13 филиалов российских учреждений высшего профессионального образования.
В 2012 году численность обучающихся по программам высшего профессионального образования составила 34 029 человек, в том числе по очной форме обучения - 17 670 человек и по заочной форме обучения - 16 359 человек.
В 2012 году государственными учреждениями было выпущено 6 487 специалистов с высшим профессиональным образованием, в том числе 3 648 специалистов по заочной форме обучения.
Как свидетельствуют результаты анализа, наиболее острой проблемой системы образования в городском округе "город Якутск" является недостаточное количество и мощность учреждений дошкольного образования.
Охват детей дошкольным образованием в городском округе "город Якутск" сопоставим со среднереспубликанским (63%) и выше показателей по ДФО и РФ, но, при этом, число детей на 100 мест в ДОУ в городе Якутске составляет 150 человек при данном показателе по Республике Саха (Якутия) в 108 человек. Число детей на 100 мест в ДОУ по ДФО и РФ ниже среднереспубликанских.
Общее образование, начальное и среднее профессиональное образование и высшее образование представлено на достаточном для жителей городского округа жителей уровне. Сфера высшего образования, включающая в себя федеральный университет, является одним из конкурентных преимуществ городского округа "город Якутск" в рамках Дальнего Востока и России в целом.