Речные перевозки в ГО "город Якутск" функционируют на базе грузопассажирского порта г. Якутска, расположенного в северной части города, вдоль протоки "Городская". Порт осуществляет погрузо-разгрузочные работы, хранение грузов и пассажирские перевозки. Общая длина причального фронта составляет 1 100 м.
Пассажирские перевозки осуществляются с такими населенными пунктами республики как Хандыга, Олекминск, Сангар, Жиганск, Исит и Тикси.
Основным речным грузоперевозчиком в ГО "город Якутск" является ОАО "Ленское объединенное речное пароходство", приписной флот которого насчитывает 328 единиц флота общей грузоподъемностью около 400 тысяч тонн.