К полномочиям Правительства Карачаево-Черкесской Республики относятся:
1) защита прав человека и гражданина в сфере охраны здоровья;
2) утверждение государственных программ Карачаево-Черкесской Республики в сфере развития здравоохранения, профилактики заболеваний;
3) внесение на рассмотрение Народного Собрания (Парламента) Карачаево-Черкесской Республики проекта закона о бюджете территориального фонда обязательного медицинского страхования Карачаево-Черкесской Республики с необходимыми документами и материалами;
4) утверждение территориальной программы государственных гарантий бесплатного оказания гражданам Российской Федерации медицинской помощи в Карачаево-Черкесской Республике, включающей в себя территориальную программу обязательного медицинского страхования;
5) координация деятельности исполнительных органов государственной власти Карачаево-Черкесской Республики в сфере охраны здоровья;
6) установление мер социальной поддержки по организации оказания медицинской помощи лицам, страдающим социально значимыми заболеваниями и заболеваниями, представляющими опасность для окружающих, и по организации обеспечения указанных лиц лекарственными препаратами;
7) установление случаев и порядка организации оказания первичной медико-санитарной помощи и специализированной медицинской помощи медицинскими работниками медицинских организаций вне таких медицинских организаций, а также в иных медицинских организациях;
8) установление порядка организации оказания первичной медико-санитарной помощи в экстренной и неотложной формах, в том числе на дому при вызове медицинского работника, гражданам, которые выбрали медицинскую организацию для получения первичной медико-санитарной помощи в рамках программы государственных гарантий бесплатного оказания гражданам медицинской помощи не по территориально-участковому принципу;
9) утверждение порядка формирования перечня медицинских организаций, оказывающих высокотехнологичную медицинскую помощь, не включенную в базовую программу обязательного медицинского страхования, за счет средств бюджета Карачаево-Черкесской Республики;
10) осуществление мер по медицинскому страхованию в соответствии с Федеральным законом "Об обязательном медицинском страховании в Российской Федерации";
11) решение иных вопросов в сфере охраны здоровья в соответствии с федеральным законодательством.