Контроль за полнотой и качеством предоставления государственной услуги осуществляет ответственная группа по осуществлению внутреннего финансового аудита в министерстве. Контроль включает проведение проверок соблюдения и исполнения специалистами Административного регламента, выявление и заявителей и получателей государственной услуги, принятие решений и подготовку ответов на их обращения, содержащие жалобы на действия (бездействие) должностных лиц министерства.
Проверки могут быть плановыми и внеплановыми. Порядок и периодичность проведения плановых проверок устанавливаются планом работы, утверждаемым соответствующим приказом министерства. При проверке рассматриваются все вопросы, связанные с предоставлением государственной услуги (комплексные проверки), или отдельные вопросы (тематические проверки). Внеплановые проверки проводятся в связи с проверкой устранения ранее выявленных нарушений, а также в случае получения жалоб на действия (бездействие) специалистов министерства.