5.1. Департамент возглавляет директор. Директор Департамента и его заместители назначаются и освобождаются от должности Губернатором области.
5.2. Директор Департамента по согласованию с Губернатором области утверждает и освобождает от должности председателей комитетов, начальников управлений, входящих в структуру Департамента.
5.3. Директор Департамента по представлению глав администраций районов согласовывает назначение и освобождение начальников районных управлений по сельскому хозяйству и продовольствию.
5.4. В Департаменте образуется научно - технический совет в составе директора, его заместителей, руководителей федеральных структур, организаций и учреждений, курируемых Департаментом, ведущих ученых и специалистов АПК области. Персональный состав научно - технического совета утверждается директором Департамента.
Решения научно - технического совета оформляются протоколами и реализуются при необходимости приказами или распоряжениями директора Департамента.
5.5. В составе рабочего аппарата Департамента создаются необходимые структурные подразделения по государственному управлению АПК области. Содержание работников, осуществляющих государственные функции управления АПК, производится за счет областного бюджета.