Так как на территории Республики Алтай отсутствуют объекты генерации, работающие параллельно с энергосистемой кроме Кош-Агачских СЭС (10 МВт), балансы электрической энергии и мощности региональной энергосистемы являются дефицитными.
Дефицит покрывается за счет перетоков по внешним связям с Бийским энергорайоном Алтайской энергосистемы.