По климатическим условиям сельское хозяйство области расположено в зоне рискованного земледелия. Негативное влияние на плодородие земель и климатические условия оказало строительство каскада гидроэлектростанций на реке Ангара. В последние 9 - 10 лет территория области ежегодно подвергается засухе. Гибнет полностью от 50 до 150 тысяч га посевов сельскохозяйственных культур.
Не лучшим образом сказалось проведение аграрных реформ на экономике сельскохозяйственных организаций, крестьянских (фермерских) хозяйств. Продолжающийся диспаритет цен, ведущий к усилению экономической зависимости сельского хозяйства от организаций, производящих средства производства; прекращение льготного кредитования; уменьшение финансовой поддержки из федерального бюджета; отсутствие гарантированного рынка сбыта привело к тому, что практически приостановлено производственное строительство на селе, значительно сокращено приобретение сельскохозяйственной техники, поступление минеральных удобрений, средств защиты растений и животных уменьшено более чем в 10 раз. Результат этого - не полностью обрабатывается пашня, теряется ее продуктивность. В 2000 году только в сельскохозяйственных организациях не обрабатывалось 52,2 тыс. га (5,8% от наличия пашни). Сельхозтоваропроизводители вынуждены переходить на примитивные технологии как в растениеводстве, так и в животноводстве.
На 01.01.2001 у сельскохозяйственных товаропроизводителей всех категорий имелось крупного рогатого скота 283,0 тыс. голов, в т.ч. коров - 137,9 тыс. голов; свиней - 240,2 тыс. голов; овец - 56,6 тыс. голов; птицы в общественном секторе - 4193,0 тыс. голов, что значительно меньше, чем было на соответствующую дату 1990, 1995 гг. Продуктивность и урожайность ферм и полей не растет, а по ряду показателей снижается. И, как следствие, значительно уменьшилось производство и душевое потребление продовольствия населением. В 2000 году одним человеком потреблялось мяса - 48 кг, молока - 159, яиц - 180 штук, картофеля - 178 кг, овощей - 67 кг. Это намного меньше 1990 года: по молоку в 1,8 раза, мясу на 30 процентов, яиц на 35 процентов. Потребление овощей осталось на уровне 1991 года, картофеля увеличилось на 16 процентов. Несбалансированное питание является одним из факторов уменьшения продолжительности жизни как сельского, так и городского населения.
В 2000 году сельскохозяйственными организациями области получена прибыль 245,2 млн. рублей, 79 процентов хозяйств рентабельны. В то же время финансовое состояние сельскохозяйственных организаций остается сложным. На 01.10.2001 кредиторская задолженность составляет 2400,0 млн. рублей, то есть на уровне годовой выручки от реализации сельхозпродукции. Одной из серьезнейших проблем в сельском хозяйстве остается задолженность по платежам во внебюджетные фонды, которая составляет 1313 млн. рублей (55% кредиторской задолженности).
Самой низкой в народном хозяйстве области остается заработная плата работников сельского хозяйства. За 2000 год она в три раза ниже среднеобластной по народному хозяйству и составляет всего 1025 рублей.