Оперативный контроль за ходом реализации Программы осуществляет Департамент по охране окружающей среды администрации Иркутской области. Главное финансовое управление администрации Иркутской области контролирует использование средств областного бюджета в установленном порядке.
Результаты реализации Программы по итогам года выносятся на Экологический Совет при администрации области.