Иркутская область относится к числу индустриальных районов, для которых из всех видов антропогенного воздействия наиболее опасным является загрязнение их неочищенными или недостаточно очищенными сточными водами. Обстановка со сточными водами в верхней и средней части бассейна реки Ангара представляется очень напряженной.
В территориальном разрезе основными источниками образования загрязненных стоков в бассейне верхней и средней части реки Ангара служат города областного подчинения, которые дают в сумме свыше 99% их объема. На ухудшение водно-экологической ситуации, прежде всего, влияют четыре крупнейших индустриальных центра Иркутской области - города Ангарск, Братск, Иркутск и Усолье-Сибирское, которые вместе сбрасывают более 91% загрязненных стоков. На остальные города областного подчинения: Тулун, Шелехов, Саянск, Черемхово, Зима и др., приходится около 8%, а на административные районы - менее 1%.
Подавляющий объем загрязненных сточных вод (92,5%) сбрасывается непосредственно в реку Ангара и ее водохранилища. Особенно большую нагрузку загрязняющих веществ антропогенного происхождения несет река Ангара в пределах речного участка между городами Иркутск и Усолье-Сибирское. Основные притоки реки Ангара: Ока, Ия, Иркут - принимают 6,6% стоков, прочие водные объекты - 0,9%.
Таким образом, есть все основания считать, что воздействие сточных вод является ведущим источником загрязнения водных объектов Иркутской области.
Одним из главных источников загрязнения вод бассейна верхней и средней частей реки Ангары следует считать неорганизованный поверхностный сток с водосборной площади, прежде всего с селитебных и сельскохозяйственных территорий.
В стоке с сельскохозяйственных угодий главное негативное значение имеет смыв пестицидов (ядохимикатов) и биогенных веществ, содержащихся в минеральных удобрениях, причем суммарный вынос пестицидов достигает 1%, а биогенных веществ (азот и фосфор) - до 5 - 25% общего количества внесенных препаратов. Данный вид поверхностного стока оказывал ранее довольно значительную роль в загрязнении вод, однако в течение 90-х гг. произошло резкое сокращение (более чем в 4 - 5 раз) внесения пестицидов и минеральных удобрений, что существенно снизило нагрузку на водные объекты.
Поверхностный сток с городских урбанизированных территорий (почти 20% всей селитебной площади) можно отнести к хозяйственно-бытовым сточным водам средней и даже высокой степени загрязненности.
В Иркутской области большое количество загрязняющих веществ выпадает из атмосферы с осадками вблизи источников образования. Суммарные выбросы загрязняющих веществ в атмосферу только городов областного подчинения составляют свыше 550 тыс. т в год, и определенная их часть с поверхностным стоком достигает водных объектов.
Ко второму фактору, обусловливающему ухудшение качества воды в Ангарской водной системе, следует отнести влияние гидроэнергетики. Коренная перестройка естественного водного режима реки Ангары в результате широкомасштабного гидроэнергостроительства привела к значительному ослаблению самоочищающей способности водных масс в малопроточных водохранилищах каскада, что связано с замедлением водообмена (водообмен в Братском водохранилище происходит в течение двух лет) и процессов перемешивания, увеличением периода ледостава, гниением огромного количества затопленной древесины. Из-за ухудшения условий, разбавления и ослабления процессов самоочищения в ангарских водохранилищах существенно усиливается действие загрязнений, поступающих со сточными водами (вплоть до образования в водохранилищах придонных мертвых сероводородных зон). Следовательно, несмотря на то, что при выработке электроэнергии непосредственно на ГЭС загрязнения воды не происходит, на ее качество сильное воздействие оказывает сам эффект регулирования.