Пишутся с прописной буквы, если это определение входит в их состав, и со строчной, если географическое определение не входит в состав названия, а только указывает местонахождение: Барнаульская городская регистрационная палата, но: Барнаульское предприятие ЗАО "Модест", Барнаульское унитарное муниципальное автотранспортное предприятие.