Основными направлениями совершенствования системы управления лесным сектором рассматриваются:
совершенствование действующего законодательства, нормативной и методической базы;
создание системы межведомственного информационного обеспечения по вопросам учета, использования и оборота лесных ресурсов и лесопродукции для организации мониторинга эффективности управления лесным сектором, сокращения незаконных рубок и нелегального оборота древесины;
повышение уровня экологического воспитания населения и вовлечения его в процесс принятия решений по организации лесопользования и независимой оценки устойчивого управления лесами на основе национальных критериев и индикаторов;
развитие социально-экономических механизмов в области лесных отношений;
формирование вертикально-интегрированных структур в лесном комплексе республики.
Совершенствование структуры управления лесным хозяйством рассматривается в свете административного и бюджетного реформирования, осуществляемого в настоящее время в государственном управлении России. Основным принципом формирования органов государственной власти является невозможность объединения функций по принятию нормативных правовых актов, по управлению государственным имуществом и осуществлению полномочий собственника в отношении федерального имущества и функций по контролю и надзору за исполнением законодательных актов в одном органе государственного управления. Основное направление реформирования бюджетного процесса - переход преимущественно к программно-целевым методам бюджетного планирования, обеспечивающим прямую взаимосвязь между распределением бюджетных ресурсов и фактическими или планируемыми результатами их использования в соответствии с установленными приоритетами государственной политики. Федеральные целевые программы рассматриваются как инструмент бюджетного планирования, ведомственные целевые программы - как инструмент экономической политики.
Институциональная организация управления лесным сектором экономики Республики Марий Эл определена правовыми нормами по разграничению полномочий в области использования, охраны, защиты лесного фонда и воспроизводства лесов между федеральным и субфедеральным уровнями управления. Совершенствование федеративных отношений в области лесных отношений строится на распределении полномочий государственного лесоуправления в отличие от зарубежного опыта в странах с федеративным устройством, в которых на объекты лесных отношений (земля, лесной фонд) установлены разные виды собственности - федеральная, провинций (Канада) или штатов (США), частная, соответственно формируется лесное законодательство; права собственности четко специфицированы по субъектам лесных отношений правовыми нормами и договорными отношениями.