Оценивая текущее состояние инфраструктуры инновационной деятельности, необходимо отметить, что в Республике Марий Эл уже функционируют отдельные элементы инновационной системы. В частности, имеются 8 высших учебных заведений, 5 отраслевых научно-исследовательских институтов, 2 школы бизнеса, технопарк, 2 бизнес-инкубатора, региональный инновационный центр, филиал Межрегионального фонда содействия инновациям.
В Республике Марий Эл реализуются республиканские целевые программы "Развитие инновационной деятельности в Республике Марий Эл на 2005 - 2007 годы" и "Государственная поддержка малого предпринимательства в Республике Марий Эл на 2005 - 2007 годы", утверждена республиканская целевая программа "Государственная поддержка малого предпринимательства в Республике Марий Эл на 2008 - 20010 годы", направленные на повышение инновационной активности, развитие научно-технической инфраструктуры, государственную поддержку активных предприятий и проектов, а также подготовку квалифицированных кадров для отраслей экономики.