В городе действует и сохраняется полная раздельная система канализации, при которой бытовые и предварительно очищенные производственные сточные воды собираются и отводятся одной сетью (бытовая канализация), а дождевые и талые воды - другой (дождевая канализация).
Городские сооружения биологической очистки бытовой канализации, расположенные севернее Черниковска, имеют производительность 360 тыс. м3/сутки. На очистку поступает свыше 415 тыс. м3/сутки стоков.
В связи с недостаточной мощностью очистных сооружений (ОС) ведется строительство III очереди с доведением суммарной производительности до 700 тыс. м3/сутки.
На городские очистные сооружения отводятся стоки Уфимского полуострова (Центр, Старая Уфа, Сипайлово, Богородское, Черниковск, Максимовка), районов Забелья и Зауфимья при помощи цепочки канализационных насосных станций (КНС) и самотечно-напорных коллекторов.
В связи с освоением территории Нижегородки стоки района направляются в проектируемую КНС, туда же поступают сточные воды бассейна канализования КНС-10, что позволит разгрузить главную КНС. Далее стоки по дюкерному переходу через р. Белую подаются в КНС Затон.
Сточные воды пос. Некрасово отводятся в систему канализации Затона.
Сточные воды Демы совместно с бытовыми стоками Кооперативной Поляны через КНС Дема направляются в КНС Затон. Существующие канализационные очистные сооружения Демы переводятся в резерв.
Далее стоки по напорным линиям по левому берегу р. Белой и дюкерным переходам через реку поступают на городские ОС.
Проектируемые канализационные ОС в районе д. Березовки принимают сточные воды аэропорта, Уршака, Зубово, Чесноковки с выпуском очищенных стоков в р. Белую.
Стоки Жилино, Зинино, Нагаево проектируемой КНС перекачиваются на КНС Кузнецовский Затон и далее по цепочке станций Уфимского полуострова направляются на городские ОС.
Сточные воды Шакши, Базилевки собираются проектируемой КНС Шакша и по дюкерным переходам через р. Уфу поступают в коллектор щитовой проходки по ул. Интернациональной и затем на городские ОС. Старая напорная линия, подающая стоки Шакши на КНС 4а, ликвидируется, снижая загрузку станции.
Аварийные выпуски существующих КНС в городские водотоки закрываются.
При корректировке проекта канализации г. Уфы принята технология более эффективной очистки загрязняющих веществ, удаление биогенных веществ (азот, фосфор), механическое обезвоживание осадка.
Осадок канализационных очистных сооружений обезвоживается на иловых площадках на левом берегу р. Белой.