Территория горзеленхоза расположена в бассейне реки Белой и ее притоков - рек Уфа и Дема, которые являются в Республике Башкортостан основными водными артериями. Кроме этого по его территории протекают реки Сутолока, Шакша и Шугуровка.
Река Белая - самый крупный левобережный приток р. Камы. Правый склон долины высотой до 80 м, очень крутой, местами обрывистый, незатопляемый, левый склон - пологий. Левобережная пойма шириной 12 км затапливается в половодье. Ширина русла р. Белой в границах г. Уфы составляет в среднем 400 м, средний уклон русла - 6 см на 1 км, глубина 2 - 5 м. Правобережье реки с круто поднимающимися склонами. Средняя продолжительность ледового покрытия - 168 дней, толщина льда - 60 см. Начало весеннего ледохода в среднем приходится на 18 апреля, а замерзание - на 19 ноября. После вскрытия и недельного ледохода наступает весеннее половодье, которое длится около месяца. Навигация на р. Белой длится в среднем 190 дней.
Река Уфа - вторая по величине река Республики Башкортостан, имеет ширину русла в границах города около 300 м и глубину 2 - 2,5 м. Она судоходна в границах города. Впадает в р. Белую в южной части г. Уфы и является главным источником водоснабжения города. Долина реки имеет ярко выраженный асимметричный характер, ширина ее в пределах города - 8 - 10 км. Излучина, где располагается Северный водозабор, достигла уже завершающей стадии развития, то есть в естественном режиме возможно сближение подмываемых берегов и нижерасположенных излучин, промыв перетоки и отделение излучины.
Река Дема - имеет равнинный характер, практически сливается с поймой р. Белой, ее берега низкие и затапливаемые. Ширина в пределах городской черты около 50 м и глубина 1,5 - 3,0 м. Река не судоходна. Впадает в р. Белую в южной части города.
По берегам этих рек расположены многочисленные оздоровительные профилактории, базы отдыха, лагеря отдыха, городские пляжи.
Поймы рек Белой, Уфы, Демы обильны озерами, старицами, болотами и сырыми местами. Уровень грунтовых вод за пределами поймы на глубине 3 - 8 м.
Река Шугуровка - правый приток р. Уфы, дренирует поступление стоков поверхностных и подземных вод с загрязненных территорий Северной промзоны, а также с территории городской свалки, расположенной на ее левом берегу. В результате река является накопителем сточных вод химических, нефтехимических и других предприятий северной части города.
Река Сутолока - протекает по центральной части города и является водоприемником неорганизованных стоков и сбросов промышленных и коммунальных предприятий с этой территории. В настоящее время река протекает в трубе.
Кроме этих рек, на территории имеются малые реки - Уршак (общая протяженность - 193 км), Берсианка (общая протяженность - 48 км).
В пределах г. Уфы развиты водоносные горизонты грунтового типа в аллювиальных четвертичных образованиях долин рек Белой и Уфы.
На Бельско-Уфимском междуречье грунтовые воды вскрываются на глубинах от 0,5 - 2,0 до 5 - 7 м, у крутых склонах долин глубина залегания увеличивается до 10 - 15 м, в северной части города в бассейне р. Шугуровки глубина залегания колеблется от 3 - 10 до 30 - 40 м.
Водоносность кунгурских отложений связана с их трещинноватостью и закарстованностью. Мощность трещинно-карстовой зоны составляет до 30 - 40 м. Вскрываются воды на глубинах от 10 - 20 до 100 - 120 м. Часто они напорные (до 50 м), в долинах рек самоизливаются. По химическому составу обычно они сульфатные, кальциевые (1 - 2,5 г/л).
Запасы минеральных подземных вод (сульфатные, сульфатно-хлоридные и хлоридно-сульфатные) приурочены к кунгурским гипсам и верхнепермским отложениям, имеются выходы родников вдоль р. Белой. Сероводородные хлоридные натриевые воды вскрыты на глубине 592 м на территории санатория "Зеленая Роща", эксплуатационные запасы оценены в 21 м3/сутки.
На территории имеют место опасные геологические процессы:
- Карсты
Наибольшее распространение имеет поверхностный карст в виде воронок разнообразной формы. Конусообразные и котловинообразные воронки развиты, в основном, на склонах рек Белой и Уфы, их диаметр от 10 до 100 м, реже до 200 м, глубина от 3 до 20 м. Чашеобразные и блюдцеобразные воронки развиты на плоских междуречьях, их диаметры значительно больше - от 20 - 25 до 380 м, а глубина меньше (1 - 3 м). Дно воронок часто заболочено или заполнено водой. Скопления воронок образуют карстовые поля и овраги.
На современном этапе процессы карстообразования достаточно активны, в среднем 3 провала в год, чаще всего весной или осенью в период активного снеготаяния или длительных дождей. Карстовые поля занимают значительные площади на низких поймах рек Белой и Уфы, на прилегающих к поймам возвышенностях (около 10 - 20%), на Уфимском полуострове имеют место, в основном, в районе Проспекта Октября и на участке между поселками Максимовка и Н. Карашиды.
- Затопление и подтопление
Затоплению подвержена долина р. Белой вплоть до основания правого коренного склона (граница затопления 1%, паводком проходит по отметке 91,2 м - данные водной станции по р. Белой), включая районы Нижегородки, 3-я пристань, Кузнецовского Затона, Южного водозабора, Кооперативной Поляны, Затон, 8 Марта, частично Богородское, Сипайлово.