4.1. Ресурсный резерват "Бэкэ" состоит из двух функциональных зон:
- зоны абсолютного покоя (755870 га), где запрещены все виды хозяйственной деятельности, за исключением мероприятий, связанных с исполнением режима охраны, противопожарных мероприятий и научных исследований по программам, согласованным с Министерством охраны природы Республики Саха (Якутия);
- зоны традиционного природопользования (779694 га).
4.2. На территории ресурсного резервата "Бэкэ" запрещается:
4.2.1. Эксплуатация водных ресурсов, а также любые действия, изменяющие гидрологический режим поверхностных и подземных вод;
4.2.2. Строительство и размещение промышленных объектов, высоковольтных линий, магистральных трубопроводов, автомобильных дорог;
4.2.3. Разработка полезных ископаемых, все виды нарушений почвенного и растительного покрова, выходов минералов, обнажений горных пород, распашка земель, производство взрывов, промышленные лесоразработки;
4.2.4. Движение и стоянка механизированных транспортных средств вне дорог и водных путей общего пользования и вне специально предусмотренных для этого мест, сплав леса по водотокам и водоемам, прогон домашних животных;
4.2.5. Сбор коллекционных и других материалов, за исключением случаев, предусмотренных планом научно-исследовательских работ, согласованным с Министерством охраны природы Республики Саха (Якутия);
4.2.6. Уничтожение и отлов диких животных и птиц, разорение нор, гнезд и прочих укрытий и убежищ, а также все виды изменений условий обитания животных, промысловая охота и лов рыбы, за исключением охоты и рыбной ловли в целях обеспечения ведения традиционного образа жизни и осуществления традиционной хозяйственной деятельности;
4.2.7. Интродукция растений и животных с целью акклиматизации, а также проведение мероприятий, способствующих увеличению численности отдельных видов животных выше естественной емкости угодий;
4.2.8. Применение химических средств в качестве удобрений, а также для борьбы с вредителями, болезнями растений, сорняками и с целью регулирования численности животных;
4.2.9. Загрязнение территории бытовыми и производственными отходами;
4.2.10. Пролет самолетов, вертолетов ниже 500 метров над сушей и водным пространством, преодоление техническими средствами звукового барьера, а также другие виды шумового воздействия, превышающие установленные нормы;
4.2.11. Проезд, проход и нахождение на территории посторонних лиц без разрешения ГБУ РС(Я) "Дирекция биологических ресурсов и ООПТ Минприроды РС(Я)", уполномоченного по обеспечению функционирования ООПТ Республики Саха (Якутия);
4.2.12. Сплошная рубка лесных насаждений;
4.2.13. Использование гусеничного транспорта в летний период;
4.2.14. Езда и использование моторных лодок на озерах;
4.2.15. Нахождение граждан с огнестрельным оружием, за исключением работников Министерства охраны природы Республики Саха (Якутия), осуществляющих мероприятия по государственному надзору и по особой охране ресурсного резервата;
4.2.16. Беспривязное содержание собак;
4.2.17. Иная деятельность, нарушающая природные комплексы или угрожающая их состоянию и противоречащая целям и задачам ресурсного резервата.
4.3. По согласованию с Министерством охраны природы Республики Саха (Якутия) при условии сохранения природных комплексов и объектов на территории ресурсного резервата "Бэкэ" допускается (в том числе с использованием авиационного транспорта по пунктам 4.3.1, 4.3.2 и 4.3.3):
4.3.1. Проведение научно-исследовательских работ;
4.3.2. Проведение в необходимых случаях противопожарных, санитарных и эпидемиологических мероприятий;
4.3.3. Проведение восстановительных мероприятий на участках, пострадавших от стихийных бедствий или нарушенных несанкционированной деятельностью человека, а также мероприятий, направленных на предотвращение изменений природных комплексов в результате хозяйственной деятельности на сопредельных территориях;
4.3.4. Сбор коллекционных и других материалов, необходимых для выполнения научно-исследовательских работ;
4.3.5. В отдельных случаях регулируемый туризм и отдых в природных условиях;
4.3.6. Строительство объектов, необходимых для научных исследований, туризма и отдыха населения.