Территория муниципального образования город Салехард составляет 97,65 км2 (0,01% территории Ямало-Ненецкого автономного округа).
В границах территории муниципального образования находится город Салехард с прилегающей территорией и сельский населенный пункт поселок Пельвож.
Географически муниципальное образование город Салехард находится на 66°32'00" северной широты, 66°38'00" восточной долготы, высота над уровнем моря - 15 м (рис. 1).
Город расположен на правом берегу Полуя вблизи от его впадения в Обь, на расстоянии в 2436 км от Москвы.
В 16 км от Салехарда, на другой стороне Оби, находится город и ближайшая железнодорожная станция Лабытнанги.
В пределах города выделяется пойменная и две надпойменные террасы. Территория города относится к зоне прерывистого распространения вечномерзлых пород.