Контроль целостности баз данных предусматривает проверку данных на предмет изменения их средствами, отличными от программ системы ведения банков цифровых пространственных данных, а также проверку корректности завершения последнего выхода из программ, который мог быть совершен нештатными средствами (перезагрузка системы, отключение питания и т.п.). Контроль целостности предполагает как проверку целостности дисковой системы, так и проверку целостности самих баз данных.