Управление и контроль за реализацией Программы осуществляются в соответствии с Порядком разработки и реализации республиканских целевых программ и межрегиональных целевых программ, в осуществлении которых участвует Республика Мордовия, утвержденным постановлением Правительства Республики Мордовия от 28 августа 2006 года N 384 "О разработке и реализации республиканских и межрегиональных целевых программ, в осуществлении которых участвует Республика Мордовия". Организацию управления за исполнением Программы осуществляет Главное управление Министерства Российской Федерации по делам гражданской обороны, чрезвычайным ситуациям и ликвидации последствий стихийных бедствий по Республике Мордовия.
Реализация Программы осуществляется на основе государственных контрактов (договоров) на закупку и поставку продукции для республиканских государственных нужд, заключаемых государственным заказчиком со всеми исполнителями программных мероприятий.