Реализация программных мероприятий сопряжена с определенными рисками, связанными с эпизоотической ситуацией в молочном животноводстве, провоцирующей спад поголовья коров и приводящей к снижению объемов производства сырого молока.
Природно-климатический фактор также будет присутствовать в оценке рисков. Это связано с тем, что в условиях природных аномалий объемы заготовки кормов для молочного животноводства могут снижаться до критического уровня, что будет приводить и к падению численности поголовья животных и к снижению их продуктивности.
Существуют также риски, связанные с макроэкономическими и внешнеэкономическими факторами.
Прогнозируемые риски могут спровоцировать снижение производства сырого молока к ранее достигнутым объемам.
В случае невыполнения роста объемов производства сыродельной отрасли, предусмотренных Программой, будет возникать ситуация неосвоения средств государственной поддержки, снижая тем самым эффективность программных мероприятий.
Применение современной техники при проведении модернизации маслосыродельной отрасли, которая будет внедряться в рамках Программы, позволит минимизировать потери сырья и увеличить выход готовой продукции с единицы перерабатываемого сырья.
Существует высокая степень неопределенности с оценкой последствий влияния на результаты реализации Программы рисков макроэкономического характера, вступления России в ВТО, изменения конъюнктуры мирового продовольственного рынка. Поэтому спланировать упреждающие меры по этим рискам представляется весьма затруднительным.