Комплексное управление Программой осуществляется субъектом бюджетного планирования - Минсельхозпродом Республики Мордовия.
Система управления реализацией Программы:
ответственным за реализацию Программы в целом является отдел развития отраслей животноводства и племенного дела Минсельхозпрода Республики Мордовия;
координацию деятельности организаций, участвующих в реализации Программы, и согласование их действий по реализации программных мероприятий осуществляет отдел развития отраслей животноводства и племенного дела Минсельхозпрода Республики Мордовия;
реализацию каждого мероприятия Программы осуществляют сельхозтоваропроизводители Республики Мордовия;
финансирование программных мероприятий осуществляет отдел финансов, бухгалтерского учета и отчетности Минсельхозпрода Республики Мордовия;
мониторинг реализации Программы осуществляет отдел развития отраслей животноводства и племенного дела и отдел экономического анализа, прогнозирования, целевых программ и мотивации труда Минсельхозпрода Республики Мордовия;
ответственным за формирование отчетности о ходе реализации Программы является отдел развития отраслей животноводства и племенного дела Минсельхозпрода Республики Мордовия.