Отсутствие на транспорте Удмуртии применения системы интегрированной логистики, объединяющей элементы транспортной, складской, таможенной и распределительной инфраструктуры.
Инфраструктура различных видов транспорта Удмуртской Республики развивается без достаточной координации, которая необходима для сбалансированного транспортного обслуживания.
Практически не развиваются технологии интермодальных перевозок в регионе, в первую очередь - контейнерные. Значительные проблемы существуют на стыках видов транспорта. Инновации на транспорте и развитие предпринимательской активности в Удмуртской Республике во многом сдерживаются несовершенством нормативного правового обеспечения развития транспортной системы и рынка транспортных услуг. Недостаточными темпами создаются механизмы государственно-частного партнерства.
Несмотря на принимаемые в последние годы активные меры существенной проблемой продолжает оставаться безопасность населения на транспорте. Число дорожно-транспортных происшествий в 2019 году по Удмуртской Республике увеличилось на 4,6% по сравнению с 2018 годом, число погибших на дорогах людей остается достаточно высоким. По данным статистики в дорожно-транспортных происшествиях в 2019 году погибли 182 человека.
Ключевые проблемы развития транспортного комплекса:
автомобильный и городской наземный электрический транспорт:
высокий износ материально-технической базы;
убыточность межмуниципальных маршрутов;
недостаточно развитая система организации дорожного движения, в некоторых районах отсутствуют дороги с твердым или асфальтовым покрытием.
Пригородный железнодорожный транспорт:
высокий физический и моральный износ подвижного состава, инфраструктуры пригородного пассажирского комплекса;
недостаток пассажирских посадочных платформ для организации пригородных пассажирских перевозок;
несоответствие современным требованиям скорости движения поездов на малоиспользуемых участках железной дороги: Ижевск - Ува, Ижевск - Балезино.
Внутренний водный транспорт: