Основной принцип управления Программой состоит в том, чтобы перераспределять ресурсы областного целевого бюджетного фонда в соответствующие муниципальные целевые бюджетные фонды, исходя из имеющихся целевых установок по развитию муниципальных образований и экономической эффективности представляемых муниципалитетами программ переселения граждан из ветхого и аварийного жилищного фонда. При этом Администрация (Правительство) Курганской области будет поощрять привлечение муниципалитетами внебюджетных средств на решение данной задачи, а также использование средств самого муниципального бюджета.
Функции по управлению областным целевым бюджетным фондом будет осуществлять Департамент экономики Курганской области, согласовывая производственные и технические аспекты задачи с соответствующими подразделениями (Департамент строительства и жилищно-коммунального хозяйства аппарата Администрации (Правительства) Курганской области, областное Финансовое управление, Департамент государственного имущества, промышленной политики и потребительского рынка Курганской области, Комитет по архитектуре и строительству Курганской области). Основная задача Департамента экономики состоит в том, чтобы провести отбор муниципальных проектов, исходя из объемов требуемых финансовых ресурсов, сроков окупаемости и ожидаемой прибыльности, а также осуществить их финансово - экономическую экспертизу.
При этом необходимо разработать процедуры, которые позволяли бы обеспечить возможность конкуренции муниципальных программ за финансовые ресурсы областного целевого бюджетного фонда и прозрачную процедуру принятия решений по распределению бюджетных средств на их реализацию.
Простейшим и одновременно наиболее понятным механизмом распределения средств областного фонда будет являться их распределение пропорционально объему привлеченных муниципалитетом внебюджетных источников, а также средств самого муниципального бюджета, направляемых на финансирование реализации программ.
В процессе реализации Программы необходимо разбить выполнение программных мероприятий на подэтапы, принимая за каждый подэтап один год. Такая разбивка необходима в целях последовательного финансирования и выполнения программных мероприятий на местах. Кроме того, для управления реализацией Программы требуется составление ежегодных планов, которые готовятся на каждом уровне: муниципальном, областном.