Ведущее место в транспортной системе области занимает железнодорожный транспорт - Курганское отделение Южно-Уральской железной дороги.
Последние годы характеризуются резким падением объемов перевозок грузов и пассажиров на железнодорожном транспорте. Грузооборот по сравнению с 1991 годом сократился на 37% и составил 35,5 млрд. т/км, пассажирооборот снизился на 39% и составил 1105 млн. пассажиро/км.