Управление Программой осуществляет Департамент сельского хозяйства Курганской области, являющийся заказчиком.
Департамент сельского хозяйства Курганской области несет ответственность за реализацию Программы в целом:
обеспечивает согласованность действий по подготовке и реализации программных мероприятий;
целевое и эффективное использование финансовых средств областного бюджета;
выполнение соглашений по исполнению Программы;
составляет в установленном порядке бюджетные заявки на очередной финансовый год;
подготавливает информационные справки и аналитические доклады о ходе реализации Программы.
Ежегодно Департамент сельского хозяйства Курганской области к 1 марта представляет информацию о ходе реализации Программы за прошедший год Губернатору Курганской области.