Основными функциями Отдела являются осуществление на территории Магаданской области государственной политики в сфере охраны и использования объектов культурного наследия и переданных органам государственной власти субъектов Российской Федерации полномочий Российской Федерации по государственной охране объектов культурного наследия (памятников истории и культуры) федерального значения, осуществление регионального государственного надзора за состоянием, содержанием, сохранением, использованием, популяризацией и государственной охраной объектов культурного наследия регионального значения, объектов культурного наследия местного (муниципального) значения, выявленных объектов культурного наследия.