3.1. С целью оптимизации вопросов сохранения природных комплексов, редких и ценных объектов растительного и животного мира на территории заказника устанавливается дифференцированный режим охраны.
3.2. Территория заказника разделяется на 3 функциональные зоны:
- зона охраны пойменных ландшафтов;
- зона охраны лесных ландшафтов коренного берега;
- зона охраны луговых ландшафтов коренного берега.
3.3. Зона охраны пойменных ландшафтов площадью 3230,99 га выделяется с целью сохранения и воспроизводства популяций редких и исчезающих видов растений и животных, обитающих на этой территории или мигрирующих через нее, сохранения их местообитаний - пойменных экосистем р. Клязьмы, а также с целью соблюдения щадящего режима использования природных ресурсов, ограниченного ведения сельского и охотничьего хозяйства, организации экологического туризма в формах, не нарушающих общего природоохранного режима заказника и способствующих минимизации негативного воздействия на экосистемы и биоразнообразие.
(в ред. постановления Правительства Владимирской области от 25.09.2023 N 697)
3.4. Зона охраны лесных ландшафтов коренного берега площадью 2066,65 га выделяется с целью охраны лесных экосистем, редких и исчезающих видов растений, произрастающих на этом участке заказника, а также с целью ограниченного ведения лесного хозяйства в формах, не нарушающих общего природоохранного режима заказника и способствующих минимизации негативного воздействия на экосистемы и биоразнообразие.
(в ред. постановления Правительства Владимирской области от 25.09.2023 N 697)
3.5. Зона охраны луговых ландшафтов коренного берега площадью 697,03 га выделяется с целью сохранения участков суходольных лугов, являющихся местами обитания редких и исчезающих видов растений, особо ценных гидрологических, геологических, палеонтологических и археологических объектов, а также с целью ограниченного ведения сельского хозяйства в формах, не нарушающих особенностей сформировавшегося ландшафта.
(в ред. постановления Правительства Владимирской области от 25.09.2023 N 697)
3.6. Границы зоны охраны пойменных ландшафтов.
Северная, восточная и западная границы зоны совпадают с общими границами заказника. Южная граница зоны проходит по границе поймы и склона коренного берега р. Клязьмы на участках от д. Федосеиха до г. Вязники, представлена в виде нескольких фрагментов между г. Вязники и г. Гороховец. В границы данной зоны полностью входят северо-западный участок заказника, расположенный в пойме нижнего течения р. Тары, и восточный участок, расположенный между бывшим судостроительным заводом в г. Гороховце и мкр. Омлево, а также участок, расположенный на левом берегу р. Клязьмы и примыкающий к Монастырской старице.
В состав зоны охраны пойменных ландшафтов включаются квартал 1 Нагорного участкового лесничества Вязниковского лесничества, квартал 5 урочища "Знамя" Нового участкового лесничества Вязниковского лесничества, квартал 14 урочища "Вязниковское" Паустовского участкового лесничества Вязниковского лесничества, квартал 8 (выдел 1) урочища "Родина" Паустовского участкового лесничества Вязниковского лесничества, кварталы 5 (выделы 42 - 48), 14 (2, 3), 15 (1, 6, 8, 9) и 16 (4) урочища им. 1 мая Городищенского участкового лесничества Гороховецкого лесничества.