Основным риском при реализации КПТО является риск недостаточной гибкости и адаптивности КПТО к изменениям внешних условий, вызванных, в частности, излишней бюрократизацией процедур актуализации и корректировки КПТО. Он может быть минимизирован путем организации контроля результатов по основным направлениям реализации КПТО, расширения прав и повышения ответственности государственных заказчиков и исполнителей КПТО. Это позволит обеспечить своевременное выявление сбоев в достижении запланированных результатов и осуществить оперативную корректировку задач и конкретных механизмов достижения целей КПТО.