С целью обеспечения комплексного развития АПК Челябинской области и его основных сфер структура государственной программы состоит из следующих подпрограмм и отдельных мероприятий:
подпрограмма 1 "Развитие подотрасли растениеводства, переработки и реализации продукции растениеводства";
подпрограмма 2 "Развитие овощеводства открытого и защищенного грунта и семенного картофелеводства на 2016 - 2020 годы";
подпрограмма 3 "Поддержка племенного дела, селекции и семеноводства в Челябинской области в период 2016 - 2020 годов";
подпрограмма 4 "Развитие подотрасли животноводства, переработки и реализации продукции животноводства";
подпрограмма 5 "Поддержка малых форм хозяйствования";
подпрограмма 6 "Развитие товарной аквакультуры (товарного рыбоводства) в Челябинской области на 2016 - 2020 годы";
подпрограмма 7 "Ведомственная целевая программа "Предупреждение возникновения и распространения африканской чумы свиней на территории Челябинской области на 2016 - 2018 годы";
подпрограмма 8 "Устойчивое развитие сельских территорий в Челябинской области на 2016 - 2020 годы";
мероприятие по поддержке кредитования переработки продукции растениеводства и животноводства;
подпрограмма 9 "Обеспечение реализации государственной программы Челябинской области "Развитие сельского хозяйства в Челябинской области на 2016 - 2020 годы".