Управление и контроль за реализацией подпрограммы 6 осуществляются в соответствии с порядком, утвержденным постановлением Правительства Челябинской области от 25.07.2013 года N 148-П "О Порядке принятия решений о разработке государственных программ Челябинской области, их формировании и реализации и о признании утратившими силу некоторых постановлений Правительства Челябинской области", и положениями раздела VI государственной программы.
Реализация мероприятий подпрограммы 6 осуществляется при взаимодействии Министерства сельского хозяйства Челябинской области с Федеральным агентством по рыболовству на основе заключенного соглашения.