По природно-сельскохозяйственному районированию земельного фонда территория автономного округа входит в холодную Полярно-тундровую зону Северо-Сибирскую провинцию арктических и тундровых глеевых почв, в Уральскую горную область, Северо-Уральскую горно-тундровую провинцию горно-тундровых почв и лесотундрово-северотаежную зону, Сибирскую лесотундрово-северотаежную провинцию болотно-подзолистых, болотных, глеево-подзолистых и мерзлотно-таежных почв.
Почвенно-растительный покров территории отличают две особенности - классически выраженная зональность и высокая степень гидроморфизма.
В основу выделения классификационных единиц почв региона положены "Классификация и диагностика почв СССР" (1977 г.) и "Классификация и диагностика почв Западной Сибири" (1979 г.).
По положению в рельефе и по определенному им перераспределению осадков встречаются автоморфные, полугидроморфные и гидроморфные почвы.
В связи с развитием микрорельефа, неоднородностью почвообразующих пород, с широким распространением пятнистых и полигональных тундр широко распространены различные почвенные комплексы.
Растительный покров автономного округа неоднороден. Тундровая зона представлена двумя подзонами: арктической и субарктической. В пределах субарктических тундр выделяются северные типичные и южные кустарниковые тундры.
Флора арктических тундр имеет широко выраженный арктический характер. Для них характерна разорванность растительного покрова, пятнистость и полигональность поверхности, отсутствие кустарников и господство зеленых мхов.
В подзоне кустарниковых (южных) тундр в растительном покрове преобладают тундровые ерники в сочетании с тундровыми ивняками, ольховниками и болотами. В лесотундровой зоне тундровые комплексы чередуются с верховыми и низинными болотами, лиственничными редколесьями.
Для северотаежной подзоны характерны низкобонитетные лиственничные, сосновые, еловые смешанные лишайниковые, зеленомошные и сфагновые леса и редколесья в сочетании с верховыми болотами. Растительный покров средней тайги характеризуется широким распространением сосновых лишайниковых и кустарничково-моховых лесов, еловых, кедровых смешанных лесов, также в сочетании с болотными комплексами.
Флористический состав поймы не очень богат, значительно отличается от остальной растительности. Здесь господствует злаково-осоковая растительность. К северу уменьшается площадь, занятая древесной растительностью, которая представлена главным образом ивняками.
Территория Полярного Урала входит в горно-тундровый ландшафтно-экологический район, для которого характерно вертикально-поясное распределение растительности. Северотаежные леса сменяются зарослями подгольцовых кустарников ольхи, ивы, ерника. Горные хребты заняты каменными россыпями и ландшафтами горной тундры.
Почвенный покров природных зон представляет собой своеобразную мозаику из почвенных разновидностей, распределение которых в значительной мере определяется мезо- и микрорельефом, типом растительности.
Заболоченность и оглеение являются ведущими почвенными процессами в автономном округе, значительная часть которого находится в зоне вечной и островной мерзлоты. Наличие многолетней мерзлоты, слабая дренированность территории, избыточное увлажнение способствуют развитию болотообразования. На юге автономного округа мерзлота островная, в основном в низинах, севернее 61 параллели все осадочные породы - глины, суглинки, пески, торф - находятся в мерзлотном состоянии, а севернее 66 параллели мерзлота становится сплошной. Многолетняя мерзлота отрицательно влияет на почву, поскольку снижает влажность верхних горизонтов почв и температуру, способствует заболачиванию, замедляет химические и биологические процессы, увеличивает количество пылеватых частиц. Наличие водоотталкивающей вечной мерзлоты и малой инфильтрующей способности почв приводит к развитию эрозии почв.
Оптимальные условия для торфонакопления складываются в средней тайге. В северной тайге широко распространены крупнобугристые торфяники с мерзлотой в буграх. Обводненность болотных массивов снижается в северной тайге по сравнению со средней до 25 - 50%.