На равнинной части автономного округа расположено много озер. По происхождению котловин они разделяются на несколько групп: термокарстовые, морено-ледниковые, озера речных долин (пойменные и старичные). В Приуральской части равнины встречаются своеобразные озера-"туманы", которые располагаются в широких долинах, разливаются весной, резко сокращают свои размеры летом, а к осени многие вообще исчезают.
К наиболее крупным относятся озера: Нейто, Ярото (Ямал), Ямбуто и Периптавето (полуостров Мамонта), Чертово и Часельское (междуречье Пура и Таза), Большое Щучье, Большой Хадытаеганлор, Варчато (Урал), Шурышкарский и Войкарский соры (левобережье Оби).
Озера являются основными местами гнездования водоплавающей дичи.