Для лесоболотной зоны характерно увеличение континентальности климата, умеренно суровая, облачная и многоснежная зима, теплое и влажное лето. Осадков выпадает 400 - 500 мм, из них 65% приходится на летний период. Вечная мерзлота развита до широты Сибирских Увалов, южнее она встречается островами.
Вогнутая поверхность низменности в центральной части и наличие замкнутых низин способствуют стеканию сюда холодного воздуха. С этим связано сильное выхолаживание и заморозки в пониженных местах, возможные на протяжении всего лета. Заметное влияние на местный температурный режим оказывают также большие реки и озера. В крупных озерных котловинах и речных долинах наблюдается сглаженный ход суточной и годовой температуры воздуха и продолжительный безморозный период.
В целом зона отличается избыточным увлажнением, большой заболоченностью и широким развитием грядово-мочажинным сфагновых болот. Леса занимают около 60% ее площади, приурочены к невысоким холмам и увалам междуречий, а также дренированным речным террасам и склонам. Болотами покрыто около 35% площади, остальная приходится на заросли кустарников и луга.
В пределах автономного округа лесоболотная зона разделяется на две подзоны: северотаежную и среднетаежную.