Счетная палата осуществляет контроль за формированием и эффективностью использования средств отраслевых и территориальных внебюджетных фондов, образованных органами администрации автономного округа, а также валютных средств, находящихся в их ведении.
Счетная палата осуществляет контроль за использованием средств территориальных государственных внебюджетных фондов социальной направленности автономного округа.