Республиканское агентство лесного хозяйства обеспечивает взаимодействие всех соисполнителей Программы в ходе ее реализации. Для обеспечения мониторинга и анализа хода реализации Программы Республиканское агентство лесного хозяйства ежегодно согласовывает с Министерством экономики Республики Бурятия и Министерством финансов Республики Бурятия уточненные показатели эффективности Программы на соответствующий год и ежегодно отчитывается о ходе их выполнения.
Правительство Республики Бурятия осуществляет контроль за ходом реализации Программы, обеспечивает координацию деятельности по подготовке и реализации программных мероприятий, целевому и эффективному использованию средств республиканского бюджета.
Республиканское агентство лесного хозяйства разрабатывает и представляет в установленном порядке сводную бюджетную заявку на ассигнования из республиканского бюджета для финансирования мероприятий Программы на очередной финансовый год.
Кроме того, контроль за ходом реализации Программы может осуществляться путем проведения комплексных проверок с участием представителей Федерального агентства лесного хозяйства. При этом обращается внимание на выполнение сроков реализации программных мероприятий, целевое и эффективное использование федеральных средств, достижение результатов реализации Программы.