В соответствии с Водным кодексом Российской Федерации исполнительный орган государственной власти города Севастополя в сфере природопользования, охраны окружающей среды и обеспечения экологической безопасности на территории города Севастополя осуществляет за счет субвенций из федерального бюджета следующие полномочия в области водных отношений, переданные Российской Федерацией:
1) предоставление водных объектов или их частей, находящихся в федеральной собственности и расположенных на территории города Севастополя, в пользование на основании договоров водопользования, решений о предоставлении водных объектов в пользование, за исключением случаев, указанных в части 1 статьи 21 Водного кодекса Российской Федерации;
2) осуществление мер по охране водных объектов или их частей, находящихся в федеральной собственности и расположенных на территории города Севастополя, в том числе установление на местности границ водоохранных зон и границ прибрежных защитных полос водных объектов, в пределах компетенции, установленной федеральным законодательством;
3) осуществление мер по предотвращению негативного воздействия вод и ликвидации его последствий в отношении водных объектов, находящихся в федеральной собственности и полностью расположенных на территории города Севастополя, а также в отношении внутренних морских вод.